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世界滾動:破解“天書”!谷子高質量圖基因組解密


【資料圖】

6月8日,中國農業科學院作物科學研究所(以下簡稱“作科所”)特色農作物優異種質資源發掘與創新利用團隊,通過對谷子種質資源的基因組變異和群體結構分析,組裝了谷子第一個高質量圖基因組,系統闡明了谷子起源及馴化改良的過程;對谷子及其野生種青狗尾草的1844份核心種質資源進行深入分析,發掘了1084個重要性狀相關位點和基因,創制了谷子圖基因組精準高效育種方法,為培育突破性品種提供了理論基礎和技術路徑。相關成果發表在國際權威學術期刊《自然·遺傳學》(Nature Genetics)上。

論文通訊作者、作科所研究員刁現民表示,基于高覆蓋深度測序,理清了谷子野生種、農家品種和現代育成品種的群體結構、分類和衍化關系,認識到谷子和水稻有著類似的基因組變異水平;群體遺傳學證據清楚表明谷子單起源,全世界的谷子均來自中國。

中國工程院院士劉旭表示,我國是谷子的起源國,也保存有全世界最多的谷子資源,但系統深入的研究缺乏,限制了其遺傳育種水平的提升。該研究清晰了谷子野生種、農家品種和現代育成品種三類資源的基因組變異本底,了解了三類資源的亞群分類和地理分布及其演化的可能過程,從遺傳學上肯定了谷子單起源中心,即中國起源中心的理論,是利用新技術進行資源研究的典型代表。

中國科學院院士李家洋表示,《自然·遺傳學》(Nature Genetics)發表的谷子圖泛基因組研究,是雜糧領域第一個高質量圖泛基因組。這一工作不僅是谷子研究的又一次“里程碑”式工作,也是對“小作物-大作為”的最好詮釋,并將對其他作物研究具有重要推動作用。

中國科學院院士韓斌表示,這項工作不僅對谷子種質資源群體結構有了新認識——發現了一個更為古老的、環境適應性強的亞群,而且對谷子馴化、改良進行了系統研究,鑒定出大量與馴化、育種選擇相關的變異位點。

中國工程院院士萬建民表示,這些持續選擇基因和性狀關聯位點對谷子重要性狀遺傳解析及標記輔助育種至關重要。同時,在多作物平行馴化越來越明晰的情況下,相關研究結果也對其他作物重要性狀的遺傳解析提供了重要參考。

中國科學院院士錢前表示,該研究讓他們更清晰地看到了基因組結構變異對發掘基因功能的重要性,為谷子模式植物體系提供了基因組和表型數據基礎,全面提升谷子的育種水平和產量品質潛力,使我國保持谷子基礎和育種研究的國際領先地位。

圖為谷子種質資源規模化挖掘利用。中國農業科學院作物科學研究所供圖

作科所研究員刁現民、紐約大學基因組學和系統生物學研究中心教授Michael Purugganan和作科所研究員賈冠清為該論文共同通訊作者。作科所博士后賀強、副研究員湯沙,研究員智慧,以及中科院動物所陳金鋒研究員為該論文共同第一作者。

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